Η Υπηρεσία ετοιμάζει Στρατηγικό Σχέδιο ώστε να αναγνωρίζει τις ανάγκες και τις προτεραιότητες της και να καθορίζει τη στρατηγική της κατεύθυνση τόσο βραχυπρόθεσμα όσο και μακροπρόθεσμα. Το Στρατηγικό Σχέδιο περιλαμβάνει τους στόχους που η Υπηρεσία θα επιδιώξει έτσι ώστε να επιτύχει στην αποστολή της.
Η τελευταία έκδοση (Σεπ. 2023) του Στρατηγικού Σχεδίου της Υπηρεσίας καλύπτει την περίοδο 2024-2026. Το Στρατηγικό Σχέδιο υποβάλλεται από την Έφορο στο Συμβούλιο Εσωτερικού Ελέγχου για ενημέρωση του, σύμφωνα με το άρθρο 16(ζ) των Περί Εσωτερικού Ελέγχου Νόμων του 2003 και του 2014.
Η Στρατηγική Επιδίωξη της Υπηρεσίας όπως καταγράφεται στο Στρατηγικό της Σχέδιο 2024-2026 παρουσιάζεται πιο κάτω:
«Παροχή μιας αποτελεσματικής και αποδοτικής Yπηρεσίας Eσωτερικού Eλέγχου στη Δημόσια Υπηρεσία και η συμμόρφωση με το Κανονιστικό Πλαίσιο όσον αφορά τον έλεγχο των Προγραμμάτων που συγχρηματοδοτούνται από πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης και άλλους Χρηματοδοτικούς Μηχανισμούς στην Κύπρο».
Επιπρόσθετα, ο Στρατηγικός Στόχος της Υπηρεσίας όπως περιλαμβάνεται στο Στρατηγικό της Σχέδιο 2024-2026 είναι ο ακόλουθος:
«Ενίσχυση της επάρκειας και αποτελεσματικότητας των δραστηριοτήτων, των διαδικασιών και της λειτουργίας των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου της Δημόσιας Υπηρεσίας και συμμόρφωση με το Κανονιστικό πλαίσιο όσον αφορά τον έλεγχο των προγραμμάτων που συγχρηματοδοτούνται από πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης και άλλους Χρηματοδοτικούς Μηχανισμούς».
Το Στρατηγικό Σχέδιο 2024-2026 επισυνάπτεται πιο κάτω.